Ačkoliv svatý Jan nepatří mezi hlavní patrony katedrály, umístění jeho hrobu z ní dělá hlavní chrám jeho kultu. Navíc pokud bychom hledali českého světce, jehož jméno je nejvíce známé v zahraničí, svatý Jan je jednoznačně na prvním místě. Lze říci, že jeho sláva dokázala obejmout celou planetu. Jeho sochy stojí nejen na mostech českých, německých a rakouských měst. Nalezli bychom je i v Jižní Americe a na Filipínách existují i jemu zasvěcené farnosti. Svatý Jan Nepomucký dokonce pronikl zajímavým způsobem i do Říma. Obraz vylovení jeho těla z Vltavy nalezneme v jedné z kaplí v Lateránské bazilice a jeho socha střeží vstup na starodávný Milvijský most, dějiště slavné bitvy mezi císařem Konstantinem a Maxentiem, po které císař Konstantin povolil křesťanům vyznávat víru na území Římské říše.
Ačkoliv byl Jan Nepomucký generálním vikářem pražské arcidiecéze, kanovníkem vyšehradským a také kanovníkem naší metropolitní kapituly, jeho tělo bylo v katedrále pohřbeno až později. Nejprve ho totiž nalezli rybáři na pravém břehu Vltavy, odkud bylo přeneseno do kláštera Křižovníků s červeným srdcem, který stál zhruba v místě dnešních hotelů President a Intercontinental. Tam byl svatý Jan také původně pohřben. Také tento řád řeholních kanovníků – tzv. cyriaků stojí za vznikem Svatojánských oslav Navalis. Do pražské katedrály bylo tělo svatého Jana přeneseno až později.
Hrob svatého Jana zaujme na první pohled svým impozantním provedením. Velký zdobený sarkofág a jeho sochařská výzdoba jsou vytepány z ryzího stříbra. Vyhotovil ho vídeňský stříbrník Johann Joseph Würth podle návrhu architekta Josefa Emanuela Fischera z Erlachu, syna slavného Johana Bernharda Fischera z Erlachu, který se významným způsobem zapsal do podoby Vídně. Ve stříbrné rakvi je umístěna ještě skleněná rakev, ve které je uloženo kompletní tělo světce, oblečené v chórovém oděvu kanovníka metropolitní kapituly.
Traduje se, že právě u hrobu svatého Jana se v době své české královské korunovace často modlil císař Karel VI. se svojí manželkou Alžbětou Kristýnou, aby jim dobrý Bůh na přímluvu svatého Jana Nepomuckého daroval syna, následníka trůnu. Jejich jediný syn Leopold Jan však zemřel půl roku po narození. Dalšího syna se již císař nedočkal, avšak jeho dcera Marie Terezie nakonec vstoupila do dějin jako mimořádně nadaná panovnice.
O století později pak hrozila tomuto nádhernému náhrobku zkáza. Císař František ho plánoval převézt do státní mincovny, kde měl být roztaven, aby císař získal finance na válku proti Napoleonovi. Náhrobek však zachránil kanovník metropolitní kapituly František Pallas de Lauro. Ten napsal císaři dopis, kde mu vysvětlil význam tohoto poutního místa a císař jeho prosbu o zachování náhrobku vyslyšel.
Text: Ing. Ondřej Stříteský